取締役会設定会社で取締役が３名しかいない会社で取締役が死亡したことにより欠員が生じたのですが、登記上どのようにすればいいですか？という相談がありました。
取締役に欠員が生じる場合としては、任期満了のケース、辞任のケース、死亡のケースが多いと思います。
取締役会設置会社では、取締役は３名以上必要です。そのため３名しか取締役がいない場合、そのうちの１名が任期満了となったり取締役を辞任したとしても取締役に欠員が生じることにより後任者が決まるまでは権利義務取締役となるため、任期満了による退任登記や辞任の登記はできません。
これに対して、取締役が死亡した場合は、欠員が生じるものの死亡の登記はできます（ケース別株式会社・有限会社の役員変更登記の手続９０頁）。
ただし、死亡の登記ができるのとそのまま取締役が欠員状態でいいかは別問題です。欠員状態を放っとおくと取締役の選任懈怠により過料（一種の罰金）を科せられる可能性があります。
取締役会を設置しておく必要がない場合や後任者が見つからない場合は、取締役の欠員が生じたのをきっかけに取締役会を廃止する方法があります。そうすれば取締役は３名未満でも問題なくなります。
取締役会設置会社のままでありたいのであれば、なるべく早めに後任者を決めましょう。取締役の死亡の登記と後任者の就任の登記を同時にやれば、役員変更の登録免許税が１回分で済むので、取締役の死亡の登記と後任者の就任の登記を別々にするより登録免許税が節約できます。
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司法書士 佐藤賢